Je maudis encore ma chance alors que je glissais dans la gorge du singe. Mes rêves de boire du grog et de piller des galions ont-ils été réduits à cela ? "Trois petites épreuves et tu seras un pirate comme nous," ont-ils dit. Ça va. Si seulement je pouvais supporter le breuvage infect que ces chiens de mer avariés ingurgitaient, le reste serait facile. Comment aurais-je pu savoir que je rencontrerais une femme puissante et belle avec un prétendant jaloux trop stupide pour réaliser qu'il était mort depuis des années ? Et comment puis-je ramper à travers ce grand singe de pierre pour trouver un homme qui marche trois pouces au-dessus du sol et met le feu à sa barbe chaque matin ?
Guybrush Threepwood, un jeune homme désireux de devenir un puissant pirate, se rend sur l'île de Melee, un refuge pour pirates. À son arrivée, il rencontre trois "pirates au look important" dans le bar SCUMM qui lui lancent trois défis pour tester sa valeur. Ceux-ci consistent à vaincre la légendaire maîtresse de l'escrime d'insultes Carla, à trouver un trésor enfoui et à voler une statue dans le manoir du gouverneur. Lors d'une tentative d'intrusion ratée dans le manoir, il rencontre et tombe amoureux de la gouverneure Elaine Marley. Pendant ce temps, le pirate fantôme LeChuck est vu en train de désirer l'amour de sa vie, la même Elaine Marley, et concocte un plan pour la capturer. Alors que Guybrush s'affaire à terminer les épreuves, LeChuck et son équipage de pirates fantômes l'enlèvent et l'emmènent sur l'île aux singes. Après avoir complété les épreuves, Guybrush découvre cette révélation, achète un navire à Stan, un vendeur de navires d'occasion qui l'informe que le navire nécessite un équipage de quatre personnes. Après avoir rassemblé Carla, la maîtresse de l'escrime qu'il avait précédemment vaincue, Meathook, un pirate avec deux crochets à la place des mains, et Otis, un prisonnier de la prison de Melee Island, Guybrush et son équipage prennent la mer à la recherche de son sauvetage.
